Un blog du professeur pour les lycéens souhaitant relire leurs cours ou approfondir le programme.

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mardi 10 octobre 2023

Thème 1 (chapitre 3) - Une longue histoire de la matière


1.3 - Une structure complexe : la cellule vivante 

Dans le monde, la matière s’organise en structure d’ordre supérieur à l’échelle moléculaire. Un exemple est ici proposé : la structure cellulaire. 



1.3.1 - Microscopie et la Théorie Cellulaire



Définition d'une théorie scientifique :
Une théorie (du grec theorein, « contempler, observer, examiner ») est un ensemble cohérent d'explications, de notions ou d'idées sur un sujet précis, pouvant inclure des lois et des hypothèses, induites par l'accumulation de faits provenant de l'observation, l'expérimentation. Elle ne doit pas être confondue avec un principe philosophique, ni avec une hypothèse.
Une théorie scientifique doit répondre à plusieurs critères :
(1) valider la correspondance entre les principes théoriques et les phénomènes observés.
(2) prédire ce qui va être observé, et
(3) résister à l’expérience, être compatible avec les nouveaux faits ou rester valide dans de nouveaux domaines non encore explorés.
Si ce n'est pas le cas, la théorie doit être corrigée, voire invalidée.

La Théorie Cellulaire repose sur 5 principes ou axiomes :
1. Tous les êtres vivants sont constitués d'une ou plusieurs cellules (ce qui définit les êtres vivants et exclut les virus de cette catégorie) ;
2. Toute cellule provient d'une autre cellule par division cellulaire ;
3. La cellule est une unité vivante et l'unité de base du vivant, c'est-à-dire qu'une cellule est une entité autonome capable de réaliser un certain nombre de fonctions nécessaires et suffisantes à sa vie ; il est possible par exemple de cultiver des cellules in vitro en leur apportant les nutriments et le milieu convenable ;
4. Il y a individualité cellulaire grâce à la membrane plasmique qui règle les échanges entre la cellule et son environnement ;
5. La cellule renferme sous forme d'ADN l'information nécessaire à son fonctionnement et à sa reproduction. L'ADN peut être sous forme libre (procaryotes) ou stocké (eucaryotes) dans une structure particulière : les chromosomes réunis dans le noyau.
Ces cinq points peuvent être résumés comme suit : La cellule est l'unité structurale, l'unité fonctionnelle et l'unité reproductrice.

La découverte de l’unité cellulaire est liée à l’invention du microscope optique ou photonique. Il utilise la lumière (photons) et des lentilles optiques (verre). Il permet l’observation de cellules vivantes, naturellement ou artificiellement colorées. Il grossit 1500x au maximum avec une résolution de 350 nm.

L’observation de structures semblables (noyau, chromosomes), dans tous les organismes étudiés, a conduit à énoncer le concept général de cellule et à construire la théorie* cellulaire et ses 5 axiomes :
1/ cellule : unité structurale de base des êtres vivants,
2/ cellule provient d’une mitose (division d’une cellule préexistante)
3/ cellule : unité vivante et autonome pour beaucoup de fonction
4/ cellule : unité structurale individuelle (membrane plasmique, génome)
5/ cellule contient de l’ADN : information génétique et héréditaire.
Evolution technologique de la microscopie et développement des 5 principes de la Théorie cellulaire

Plus récemment, l’invention du microscope électronique (faisceau d’électrons,  x 105  à 106, résolution de 10 à 0,5 nm, années 30) puis du microscope à fluorescence (microscope optique amélioré, traitement avec des anticorps spécifiques liés à un fluorochrome, résolution de 200 à 20 nm, années 60 à 2000) a permis l’exploration plus précise de la cellule, à l’échelle des macromolécules (molécules polymères comme les protéines (chaîne d’acides aminés) ou l’ADN (séquence de nucléotides).



Ces microscopes ont permis la compréhension du lien entre échelle moléculaire  et cellulaire.
Exemple du cytosquelette : relation entre les fibres de proteines :(microtubules et filaments d'actine) et la structure 3D des cellules et la fonction du cytosquelette (exemple du fuseau mitotique qui sépare les chromosomes).
^ Définition du cytosquelette

Méthode de la microscopie à fluorescence


Comparaison entre les croquis de Flemming, 1876 et les microphotographies optiques et par fluorescence d'une mitose.

Rôle du fuseau mitotique lors de la mitose : séparation des chromosomes

Avancée scientifique par la nanoscopie à fluorescence : exemple de l'actine dans les axones des neurones.






BILAN des exposés : Au milieu du 19è siècle, l'essentiel de la théorie cellulaire s'est construite avec un seul microscope : le microscope optique, de plus en plus perfectionné. Au milieu du 20è siècle, la microscopie électronique (MET : obs. en coupe ; MEB : obs. des surfaces "3D") a permis de compléter la Théorie cellulaire avec la découverte des structures moléculaires (organites, cytosquelette,...). Début du 21è siècle, la microscopie par fluorescence spécifique a permis de comprendre la composition et le fonctionnement dynamique des structures cellulaires. Elles ont contribué à préciser et tester la Théorie cellulaire.

1.3.2 La structure de la membrane plasmique

La cellule est un espace (milieu intracellulaire) séparé du milieu extérieur (extracellulaire) par une membrane plasmique.

Cette membrane est constituée d’une bicouche phospholipidique et de protéines. La structure membranaire est stabilisée par :
(1) le caractère hydrophile, en contact avec les milieux intra- et extra-cellulaires aqueux, et (2) le caractère hydrophobe ou lipophile, en contact entre les deux couches lipidiques,
 de certaines parties des molécules (lipides et protéines) constitutives.
Des chaînes glucidiques tapissent la surface extérieur de la membrane plasmique.


Les lipides membranaires sont des molécules polarisées, avec un pôle hydrophile ("qui aime l'eau") et un pôle hydrophobe ("qui repousse l'eau")

Même si la membrane plasmique est très stable, les diverses molécules constitutives et notamment les protéines, y sont très mobiles : c'est le modèle de la mosaïque fluide.
L'extinction de la fluorescence verte par le laser forme une tâche qui s'atténue avec le temps. La mobilité des protéines enchassées dans la bicouche phospholipidique est ici mis en évidence.

Le modèle de membrane plasmique : la mosaïque fluide.
VIDEOS :

mardi 3 octobre 2023

T1_C1_3 Les enzymes, des biomolécules aux propriétés catalytiques

 T1_C1_3 Les enzymes, des biomolécules aux propriétés catalytiques


Les protéines enzymatiques sont des catalyseurs de réactions chimiques spécifiques dans le métabolisme d’une cellule. La catalyse accélère les réactions chimiques intracellulaires des différentes voies métaboliques permettant les grandes fonctions de la cellule (digestion, respiration, photosynthèse, stockage de réserve,…)

Schéma théorique de deux voies métaboliques connectées dans une cellule.


Les enzymes ou ases, comme toutes protéines, sont constituées d’une ou plusieurs chaînes d’acides aminés, repliées sur elles-mêmes et parfois associées entre-elles.

L'organisation de la structure 3D d'une protéine

La structure tridimensionnelle d’une enzyme (E) forme un site actif qui lui permet d’interagir avec un substrat spécifique (S) en formant un complexe transitoire enzyme-substrat (E-S). Ce complexe E-S facilite les réactions chimiques d’association ou de dégradation moléculaire, ce qui accélère la formation de nouveaux produits moléculaires (P), sans que l’enzyme soit pour autant modifiée :


E + S —> E-S —> E + P

(S est transformé en P ; E-S est un état transitoire ; E reste inchangé )

Deux types de réaction enzymatique : Catabolisme (dégradation moléculaire, en haut) et Anabolisme (synthèse moléculaire, en bas)

Cette structure 3D et le site actif sont très sensibles aux conditions du milieu cellulaire (pH, température, concentration en substrat,…). Ils expliquent aussi la cinétique des réactions catalytiques du métabolisme cellulaire, exprimée par le paramètre Vi pour Vitesse initiale de la réaction. Cette valeur correspond au coefficient directeur de la droite tangente en t=0 à la courbe d'apparition d'un produit P lors de la réaction enzymatique.


Les enzymes étant des protéines, elles sont les produits directs de l’expression de gènes qui les codent. Elles sont donc sensibles au mutations.


D’autre part, elles sont les marqueurs de la spécialisation cellulaire.

Rappel seconde : Dans les tissus biologiques, les cellules spécialisées ont une forme et une fonction particulière. Elles n'expriment qu'une partie de leurs gènes.
Par exemple : Chez l’Homme, environ 23 000 gènes par cellule > 250 gènes exprimés en protéines dont 85 sont des enzymes > voies métaboliques particulières => spécialisation cellulaire


BILAN : Les enzymes, issus de l’expression génétique d’une cellule, sont essentiels à la vie cellulaire et sont aussi des marqueurs de sa spécialisation.


Notions fondamentales : catalyse, substrat, produit, spécificité.

Capacités

- Étudier les relations enzyme-substrat au niveau du site actif par un logiciel de modélisation moléculaire.

- Concevoir et réaliser des expériences utilisant des enzymes et permettant d’identifier leurs spécificités.

- Étudier des profils d’expression de cellules différenciées montrant leur équipement enzymatique.

- Étudier l’interaction enzyme-substrat en comparant les vitesses initiales des réactions et faisant varier soit la concentration en substrat ; soit en enzyme. Utiliser des tangentes à t0 pour calculer la vitesse initiale.

dimanche 24 septembre 2023

T1_C1_2 La réplication de l’ADN

 T1_C1_2 La réplication de l’ADN

Préambule :

L'Histoire de la découverte de l'ADN : sa composition, sa structure et sa fonction





Chaque chromatide d’un chromosome est constituée d'une longue molécule d'ADN associée à des protéines structurantes, les histones.  Cette association ADN/Histones forme la chromatine, une forme faiblement condensée de l’ADN permettant encore sa lecture ou sa recopie.


Les deux états de l'ADN : les chromatines


BILAN A2 : Au cours de la phase S de la mitose, l’ADN subit une recopie, appelée la réplication semi-conservative. Il s’agit de la formation de deux copies qui, en observant les règles d’appariement des bases complémentaires ( Adénine -Thymine ; Guanine - Cytosine), conservent chacune la séquence des nucléotides de la molécule initiale. 

Réplication sur deux générations g1 et g2
(en jaune : l'ADN parent ; en blanc : l'ADN néosynthétisé)








Cette synthèse d’ADN est assuré par un ensemble d’enzymes dont l’ADN polymérase. Le chromosome est alors formé de deux chromatides identiques, on parle de chromosome double ou bichromatidien.


Ainsi, les deux cellules provenant par mitose d'une cellule initiale possèdent exactement la même information génétique. Dans les
tissus somatiques, la succession de mitoses produit un ensemble de cellules, toutes génétiquement identiques que l’on appelle des clones. 

PCR : une biotechnologie issue de la découverte des enzymes de la réplication


Notions fondamentales : réplication semi conservative, ADN polymérase, clone.

Objectifs : savoir comment relier l'échelle cellulaire (mitose, chromosomes) à l'échelle moléculaire (ADN).



Capacités

- Présenter une démarche historique sur l’identification ou la composition chimique des chromosomes.

- Calculer la longueur totale d’une molécule d’ADN dans un chromosome et de l’ensemble de l’ADN d’une cellule humaine ; comparer avec le diamètre d’une cellule. Calculer la longueur d’ADN de l’ensemble des cellules humaines.

- Exploiter les informations d’une expérience historique ayant permis de montrer que la réplication est un mécanisme semi-conservatif.

- Utiliser des logiciels ou analyser des documents permettant de comprendre le mécanisme de réplication semi-conservative.

- Observer des images montrant des molécules d'ADN en cours de réplication.

- Calculer la vitesse et la durée de réplication chez une bactérie (E. coli) et chez un eucaryote.

- Concevoir et/ou réaliser une réaction de PCR (amplification en chaîne par polymérase) en déterminant la durée de chaque étape du cycle de PCR. Calculer le nombre de copies obtenues après chaque cycle.


jeudi 21 septembre 2023

2_T1_C1_A2 Les organismes pluricellulaires

 coloration : lugol ou eau iodée
sans coloration

Microphotographies de cellules végétales, x600

mercredi 20 septembre 2023

T1_C1_1 Les divisions cellulaires des eucaryotes

T1_La Terre, la vie et l’organisation du vivant


T1_C1_Transmission, variation et expression du patrimoine génétique


T1_C1_1 Les divisions cellulaires des eucaryotes


    Les chromosomes sont des structures universelles aux cellules eucaryotes (organismes dont les cellules possèdent un noyau, et des organites).



    BILAN A1 : À chaque cycle de division cellulaire divisé en 4 phases, chaque chromosome à une chromatide (phase G1) est dupliqué (duplication lors de la phase S, pour Synthèse d’ADN) et donne un chromosome à deux chromatides (phase G2), chacune transmise à une des deux cellules filles obtenues par division cellulaire. C’est la base de la reproduction conforme.



Chez les eucaryotes, les chromosomes subissent une alternance de condensation (division cellulaire) et de décondensation (phase G1, S et G2) au cours d’un cycle cellulaire complet.

    La division cellulaire mitotique (ou mitose) est une reproduction conforme. Elle est divisée en 4 étapes successives : Prophase, Métaphase, Anaphase et Télophase. Il en résulte que toutes les caractéristiques du caryotype (nombre et morphologie des chromosomes) de la cellule parentale (cellule mère) sont conservées dans les deux cellules filles. Elle concerne l’ensemble des cellules du corps, les cellules somatiques, particulièrement dans les tissus en croissance, ou en renouvellement, mais aussi dans les tumeurs cancéreuses.

^ SAVOIR REDESSINER

La mitose observée avec trois microscopie (MO, MEB, MCF)
La mitose observée avec trois microscopies (MO, MEB, MCF)

    

    BILAN A3 : Dans les cellules germinales, lors de la gamétogénèse, la méiose conduit à quatre cellules haploïdes ( à n chromosomes), qui ont, chacune, la moitié des chromosomes de la cellule diploïde initiale (à 2n chromosomes), soit un des deux chromosomes de chacune des paires par gamètes.

    Contrairement à la mitose, lors de la l'anaphase 1 de la méiose 1, on observe la séparation des deux chromosomes homologues bichromatidiens de chaque paires. La cellule diploïde à 2n chromosomes forme deux cellules haploïdes à n chromosomes. Lors de l'anaphase 2 de la méiose 2, ce sont les deux chromatides de chaque chromosome qui se séparent au niveau du centromère. Il se forme alors quatre cellules à n chromosomes monochromatidiens.

Les deux divisions de la méiose (2n = 2) (SAVOIR REDESSINER)

Les étapes de la méiose vues au MO (gamétogénèse du Criquet Pélerin 2n=22+X0)

Synthèse de la méiose (2n=4)

    Lors de la mitose et le méiose, le déplacement des chromosomes ou des chromatides est réalisé par une structure intracellulaire temporaire appartenant au cytosquelette : le fuseau mitotique ou méiotique. Il est constitué de filaments de protéines (tubulines) permettant la traction des molécules d’ADN de part et d’autre de la cellule en division




L’image du caryotype d’une cellule (ensemble des chromosomes contenu dans un noyau cellulaire) peut être réalisée par blocage de la mitose lors de la métaphase ( ajout de colchicine, un inhibiteur du fuseau mitotique), lorsque que les chromosomes sont condensés mais non séparés. Le caryotype peut montrer des anomalies (aneuploïdies) ou des spécificités (gamètes).

   


Notions fondamentales : diploïde, haploïde, méiose, phases du cycle cellulaire eucaryote : G1, S (synthèse d'ADN), G2, mitose (division cellulaire), fuseau mitotique ou méiotique.





mardi 5 septembre 2023

T_ES_T3_Rappels de Seconde et Première

 



Hygiène et sécurité au laboratoire


Les niveaux d'organisation du vivants


La structure d'un chromosome et de l'ADN


Propriétés de l'information génétique

Les grands groupes d'êtres vivants



L'évolution des espèces : mécanismes et forces évolutives





Les échelles de la biodiversité


Evolution de la biodiversité au cours des 550 derniers Ma.